Tudo começa quando Sydney Bristow é recrutada para trabalhar na organização SD-6, que se apresenta como um braço secreto da CIA. Mais tarde, Sydney descobre que a SD-6 é na verdade uma organização criminosa e se torna uma agente dupla da CIA infiltrada na SD-6 com o objetivo de destruí-la. A única pessoa que conhece sua dupla identidade é seu pai, Jack Bristow, que também é um agente duplo e com quem tem um relacionamento distante. Agora para reunir a família, sua mãe, Irina Derevko, uma ex-espiã da KGB que forjou sua morte quando Sydney ainda era criança, se entregou a CIA e é considerada a maior fonte de informação que o governo americano possui para destruir a SD-6. O problema é que nem a CIA, nem Jack e nem Sydney sabem se ela é uma fonte confiável de informações.