No século 24, a Deep Space 9 é uma estação espacial a vários anos-luz de distância da Federação. Localizada no ponto mais distante de uma nova fronteira, ainda na órbita de Bajor, sua missão é manter a ordem no ponto do universo em que se localiza.

Além de ser um entreposto da Federação, a estação também é um grande centro comercial, científico e de importância estratégica, pois tem um wormhole localizado a uma distância próxima. Para os bajoranos, o wormhole é sagrado, mas para os demais povos, é uma fonte de poder político e econômico. Isso acontece porque o wormhole funciona como um túnel, ligando qualquer coisa ao Quadrante Alfa, ao Quadrante Gama, ou a outros lugares do Universo.

Assim, a função da Deep Space 9 é fiscalizar o trânsito do wormhole e proteger os interesses de bajorianos e humanos. A situação em que a estação se encontra é semelhante aos grandiosos portos de navegação na Terra, estrategicamente posicionados desde os tempos das Grandes Navegações.